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古朵生物:核酸电泳的指示剂与染色剂区别
人阅读 发布时间:2023-08-16 15:06
核酸电泳的指示剂与染色剂区别
指示剂
核酸电泳常用的指示剂有溴酚兰和二甲-苯青及银染色.溴酚兰在碱性液体中 呈紫兰色,在0.6%、1%、1.4%和2%琼脂糖凝胶电泳中,溴酚兰的迁移率分别与1Kb、 0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的双链线性DNA片段大致相同.二甲-苯青的水溶液呈兰色,它在 1%和1.4%琼脂糖中电泳时,其迁移速率分别与2Kb和1.6Kb的双链线性DNA大致相似.
指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖400组成载样缓冲液.载样缓冲液的作用有:
①增加样 品密度,使其比重增加,以确保DNA均匀沉入加样孔内.
②在电泳中形成肉眼可见的指 示带,可预测核酸电泳的速度和位置.
③使样品呈色,使加样操作更方便.
染色剂
核酸电泳后,需经染色后才能显现出带型,最常用的是溴化乙锭染色法,其 次是银染色.
溴化乙锭(ethidium bromide,EB)是一种荧光染料,EB分子可嵌入核酸双链的碱基对 之间,在紫外线激发下,发出红色荧光.根据情况可在凝胶电泳液中加入终浓度为 0.5ug/ml的EB,有时亦可在电泳后,将凝胶浸入该浓度的溶液中染色10~15min.琼脂 糖凝胶EB染色,肉眼可见核酸电泳带,其DNA量一般>5ng,当溴化乙锭太多,凝胶染 色过深,核酸电泳带看不清时,可将凝胶放入蒸馏水浸泡30min后再观察.
银染色液中的银离子(Ag )可与核酸形成稳定的复合物,然后用还原剂如甲醛 使Ag 还原成银颗粒,可把核酸电泳带染色黑褐色.主要用于聚丙烯-酰胺凝胶电泳染色. 也用于琼脂糖凝胶染色.其灵敏度比EB高200倍.但银染色后,DNA不宜回收.
染色一般是在凝胶或电泳缓冲液中加入终浓度为0.5μg/ml的EB,可以在电泳过程中随时观察核酸的迁移情况,这种方法适用于一般性的核酸监测。但由于EB带正电荷,同时它的嵌入增加了核酸分子的刚性,使迁移率减慢,故不宜用于凝胶电泳测定核酸分子的大小。利用凝胶电泳估测样品DNA的含量,也不适合在凝胶中直接加入EB。而应在电泳后,将凝胶浸入含0.5μg/ml EB的水溶液中进行染色。EB见光易分解,应在棕色瓶中于4℃保存,染色时也应尽量避光。
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